El Laboratorio de Química constaba inicialmente de:
-25 instrumentos de cristal y vidrio graduados;
-200 instrumentos de vidrio soplado;
-Más de 270 instrumentos de vidrio común;
-50 instrumentos de gres refractario;
-50 instrumentos de porcelana;
-Una buena colección de montajes completos para la práctica experimental.
A estes importantes medios materiales hay que añadir los más de 400 productos orgánicos e inorgánicos para las prácticas básicas que se dearrollaban en el Laboratorio.
Por desgracia, el material de vidro es de difícil conservación, y hoy sólo podemos disfrutar de una pequeña muestra de aquella riqueza. Sin embargo, aún se conservan, entre otras cosas, una impresionante colección de frascos en azul y blanco, con etiquetas vitrificadas o rotuladas, algunos de ellos pertenecientes al botiquín del Colegio, que contaba también con los instrumentos más necesarios para las operaciones quirúrgicas más sencillas.