El Colegio-Instituto de Santa María de Cee y la Escuela de Niñas, desarrollaron una singular experiencia pedagógica, equiparable a los más avanzados institutos de su tiempo. Su programa combinaba una educación humanista y científica con la enseñanza de materias prácticas necesarias para el desarrollo económico de la comarca: contabilidad, comercio, idiomas, etc., además de prestar una especial atención a las clases de agricultura, música y dibujo. Entre este tipo de enseñanzas aplicadas habría que destacar el aprendizaje de la mecanografía, disciplina que se imparte por primera vez en Galicia en este centro.
Los reglamentos de la institución, redactados por D. Dionisio Barreda, primero director drl Colegio-Instituto, reflejaban actitudes pedagógicas modernas que tardarían años en ser aceptadas: “Sea cual sea la falta que cometan los alumnos, nunca se les castigará con golpes de ningún género: los golpes non corrigen y sin embargo, envilecen a quien los sufre”.

El Colegio contó desde su creación con una generosa dotación de material para la enseñanza de las ciencias humanísticas y experimentales. Además del instrumental científico y didáctico destinado a la enseñanza de las diversas materias, de los Gabinetes de Física e Historia Natural y del Laboratorio de Química, exigidos por las disposicionens legislativas vigentes en la época, el centro destacó por la grandiosidad de su jardín botánico, en el que estudiar los principios prácticos de la agricultura y de la propia botánica, y por su cuidada biblioteca que, en 1918, contaba ya con 2000 volúmenes. La biblioteca mantenía numerosas suscripciones a revistas de divulgación educativa y científica, y pocos años después de la inauguración del Colegio, se abrió a todos los vecinos de Cee, en una nueva iniciativa de la Fundación para estimular el desarrollo educativo de la villa.

Para las clases de dibujo, el centro contaba con muy buenas colecciones de yesos y láminas-modelo, que eran utilizadas con el doble objetivo de cultivar el buen gusto de los alumnos y prepararlos, al mismo tiempo, para la aplicación inmediata de estes conocimientos coma obreros y artesanos en su vida cotidiana.
La clase de música era diaria, pero en días alternos para niños y niñas, y además del solfeo se impartían clases de canto, piano y violín. Para la debida formación musical se compraron tres pianos, muchos instrumentos de cuerda y algunos de viento. La promoción de veladas musicales en las que los alumnos aventajados interpretaban diversas piezas, fue el primer paso para la creación de un orfeón de veinticinco voces, y poco después, de una rondalla de dieciseis alumnas, que durante muchos años colaboraron en las actividades culturales y benéficas de la villa y de la comarca.