Entre los objetivos que se persiguen con la creación del Museo podemos destacar los siguientes:
1. La conservación del patrimonio histórico de la Fundación.
2. Su difusión y conocimiento, fundamentalmente en el ámbito escolar comarcal.
3. La proyección de la villa de Cee como heredera de un pasado educativo único en el rural gallego de finales del siglo XIX y primera mitad del siglo XX, como pionera en el labor de aprovechamiento integral de su patrimonio histórico y, consecuentemente, como centro de dinamización cultural de la comarca.

Desde el punto de vista de la ciencia no se pretendió crear un "taller de manipulación", ni un espacio para dearrollar una enseñanza por descubrimiento, objetivos que cubrirían centros ya existentes como la Casa de las Ciencias de A Coruña. Se busca un lugar en el que los/las estudiantes puedan construir por si mismos significados múltiples a partir de los objetos que observan y analizan. Un proyecto de este tipo permite cubrir objetivos conceptuales de las distintas disciplinas científicas y avanzar en los contenidos ligados a la evolución histórica de las ciencias.

Desde el punto de vista de las artes plásticas y musicales se pretendió poner al alcance del público una colección pictórica relevante, íntimamente relacionada con la Fundación, garantizando, al mismo tiempo, su conservación en unas condiciones adecuadas. Por otro lado, se quiere mostrar la riqueza artística de las pequeñas cosas (orfebrería, decoración, relgiosidad, ...) ligadas al día a día de la institución en sus más de cien años de historia.

Desde e punto de vista histórico y educativo se intenta destacar el carácter moderno, interdisciplinar e innovador de la enseñanza impartida en este centro, que combinó la educación humanista y científica con la enseñanza de materias prácticas y necesarias para el desarrollo económico de la comarca. Se busca que toda la ciudadanía de la villa y todos sus visitantes sean conocedores de la relevancia histórica de un centro que, en gran medida, condicionó social, cultural, económica, tecnológica y educativamente a varias generaciones de sus habitantes.