O Laboratorio de Química constaba inicialmente de:
-25 instrumentos de cristal e vidrio graduados;
-200 instrumentos de vidrio soprado;
-Máis de 270 instrumentos de vidrio común;
-50 instrumentos de gres refractario;
-50 instrumentos de porcelana;
-Unha boa colección de montaxes completas para a práctica experimental.
A estes importantes medios materiais hai que engadir os máis de 400 productos orgánicos e inorgánicos para as prácticas básicas que se desenvolvían no Laboratorio.
Por desgracia, o material de vidro é de difícil conservación, e hoxe só podemos disfrutar dunha pequena mostra daquela riqueza. Sen embargo, aínda se conservan, entre outras cousas, unha impresionante colección de frascos en azul e branco, con etiquetas vitrificadas ou rotuladas, algúns deles pertencentes ó botiquín do Colexio, que contaba tamén cos instrumentos máis necesarios para as operacións cirúrxicas máis sinxelas.