O Colexio-Instituto de Santa María de Cee e a Escola de Nenas, desenvolveron unha singular experiencia pedagóxica, equiparable ós máis avanzados institutos do seu tempo. O seu programa combinaba unha educación humanista e científica co ensino de materias prácticas necesarias para o desenvolvemento económico da comarca: contabilidade, comercio, idiomas, etc., ademáis de prestar unha especial atención ás clases de agricultura, música e debuxo. Entre este tipo de ensinanzas aplicadas habería que destaca-la aprendizaxe da mecanografía, disciplina que se imparte por primeira vez en Galicia neste centro.
Os regulamentos da institución, redactados por D. Dionisio Barreda, primeiro director do Colexio-Instituto, reflectían actitudes pedagóxicas modernas que tardarían anos en ser aceptadas: “Sexa cal sexa a falta que cometan os alumnos, nunca se lles castigará con golpes de ningún xénero: os golpes non corrixen e nembargantes, envilecen a quen os sofre”.

O Colexio contou dende a súa creación cunha xenerosa dotación de material para o ensino das ciencias humanísticas e experimentais. Ademáis do instrumental científico e didáctico destinado ó ensino das diversas materias, dos Gabinetes de Física e Historia Natural e do Laboratorio de Química, esixidos polas disposicións lexislativas vixentes na época, o centro destacou pola grandiosidade do seu xardín botánico, no que estudiar os principios prácticos da agricultura e da propia botánica, e pola súa coidada biblioteca que, no 1918, contaba xa con 2000 volumes. A biblioteca mantiña numerosas suscripcións a revistas de divulgación educativa e científica, e poucos anos despóis da inauguración da Escola, abriuse a tódo-los veciños de Cee, nunha nova iniciativa da Fundación para estimular o desenvolvemento educativo da vila.

Para as clases de debuxo, o centro contaba con moi boas coleccións de xesos e láminas-modelo, que eran utilizadas co dobre obxetivo de cultiva-lo bo gusto dos alumnos e preparalos, ó mesmo tempo, para a aplicación inmediata destes coñecementos coma obreiros e artesáns na súa vida cotiá.
A clase de música era diaria, pero en días alternos para nenos e nenas, e ademáis do solfeo impartíanse clases de canto, piano e violín. Para a debida formación musical mercáronse tres pianos, moitos instrumentos de corda e algúns de vento. A promoción de veladas musicais nas que os alumnos avantaxados interpretaban diversas pezas, foi o primeiro paso para a creación dun orfeón de vintecinco voces, e pouco despóis, dunha rondalla de dezaseis alumnas, que durante moitos anos colaboraron nas actividades culturais e benéficas da vila e da bisbarra.