Entre os obxetivos que se perseguen coa creación do Museo podemos salientalos seguintes:
1. A conservación do patrimonio histórico da Fundación.
2. A súa difusión e coñecemento, fundamentalmente no ámbito escolar comarcal.
3. A proxección da vila de Cee coma herdeira dun pasado educativo único no rural galego de finais do século XIX e primeira metade do século XX, coma pioneira no labor de aproveitamento integral do seu patrimonio histórico e, consecuentemente, coma centro de dinamización cultural da bisbarra.

Dende o punto de vista da ciencia non se pretendeu crear un "obradoiro de manipulación", nin un espazo para desenvolver un ensino por descubremento, obxetivos que cubrirían centros xa existentes coma a Casa das Ciencias da Coruña. Búscase un lugar no que os/as estudantes poidan construir por si mesmos significados múltiples a partir dos obxetos que observan e analizan. Un proxecto deste tipo permite cubrir obxetivos conceptuais das distintas disciplinas científicas e avanzar nos contidos vencellados á evolución histórica das ciencias.

Dende o punto de vista das artes plásticas e musicais pretendeuse poñer ó alcance do público unha colección pictórica relevante, íntimamente relacionada coa Fundación, garantindo, ó mesmo tempo, a súa conservación nunhas condicións axeitadas. Por outra banda, quérese amosar a riqueza artística das pequenas cousas (ouriveiría, decoración, relixiosidade, ...) vencelladas ó día a día da institución nos seus máis de cen anos de historia.

Dende o punto de vista histórico e educativo téntase salientar o carácter moderno, interdisciplinar e innovador da ensinanza impartida neste centro, que combinou a educación humanista e científica co ensino de materias prácticas e necesarias para o desenvolvemento económico da bisbarra. Búscase que toda a cidadanía da vila e tódolos seus visitantes sexan coñecedores da relevancia histórica dun centro que, en grande medida, condicionou social, cultural, económica, tecnolóxica e educativamente a varias xeracións dos seus habitantes.